Nejvýznamnějším negativním faktorem ovlivňujícím populaci kuřičky hadcové v PP Hadce u Hrnčíř je nevhodný způsob lesního hospodaření, který vede k vytváření hustých borových lesů. S tím je spojeno okyselení půdy a rozvoj acidofilní vegetace. Dále zde dochází k rozvoji kompetičně silných travin, zejména bezkolence, které kuřičku z lokality rychle vytlačují. Specifickým problémem je sběr jedinců za účelem pěstování na vlastních zahradách.