NPP Hadce u Želivky se nachází na masivním hadcovém tělese východně od obce Sedlice s severně od obce Bernartice. Těleso je protaženo ve směru V-Z a jepřibližně 3,5 km dlouhé a 1 km široké. Hadcové těleso je poměrně rozsáhlé, cca 275 km2. Oblast protínají dva toky: na západě Sedlický potok a na východě Želivka. Hadcové skály pak tvoří příkré svahy spadající do těchto toků. Hadcové skály tvoří příkré svahy padající dolů k oběma tokům. Původně celistvá lokalita byla značně fragmentována výstavbou přehradní nádrže Švihov, kdy byla zatopena nejméně polovina hadcových skal na obou březích Sedlického potoka a více jak dvě třetiny skal na levém břehu Želivky (20 – 50m výška vody). Dále byla lokalita rozdělena výstavbou dálnice D1. V okrajové části lokality se nachází funkční eklogitový lom. Přes tyto negativní zásahy patří lokalita mezi jedno z nejvýznamnějších hadcových území v ČR.
Bernartický hadec je zajímavý přítomností magnezitu, eklogitu a amfibolitu. Hadec obsahuje také velké množství olivínu, termolitu a fragmentů opálu. Hadcové půdy jsou klasifikovány jako rendziny a obsahují velké množství hořčíku a těžkých kovů, zatímco obah základních živin je velmi nízký. Hadec velmi obtížně zvětrává, takže hadcové oblasti jsou charakteristické prudkými svahy a ostrými rozeklanými skalisky, kde dochází k snadné erozi půdy a rychlému odtoku vody, takže dalším stresujícím faktorem je zde velmi mělká půda a sucho. Tyto extrémní podmínky vedly k tomu, že se na těchto stanovištích vytvořila specifická vegetace, která je velmi druhově bohatá.