NPP Hadce u Želivky spadá geomorfologicky do oblasti Českomoravská vrchovina, část Křemešnická vrchovina, podcelek Želivská pahorkatina, okrsek Čechtická pahorkatina. Lokalita spadá do mírně teplé oblasti (MT10). Skládá se z několika oblastí s různou orientací a extrémně odlišnými teplotami: příkré svahy s jižní expozicí, vysokým osluněním a mělkou skeletovitou půdou, versus zastíněné vlhké části s vyšší půdou a severní orientací. Nadmořská výška se pohybuje mezi 385 a 425 m.n.n. Fytogeograficky spadá oblast do okrsku 41 – Střední Povltaví. Biogegraficky se jedná o kontinentální region.